特殊車両通行許可の手数料は、200円に申請車両台数（連結車ではトラクタ台数）と申請経路数を乗じた金額です。したがって、申請車両台数と経路数に比例しますが、経路数は片道を1経路として、同じ経路を往復（往復申請）するときは2経路扱いになります。
【手数料額の計算式】
手数料額＝申請車両台数×申請経路数×200円
ただし、手数料が発生するのは、2つ以上の道路管理者にまたがる経路を通行する場合で、手数料は協議等の経費として徴収されます。また、200円という金額は、国の機関へ申請するときで、法律上、国の機関以外は条例によって定めるとなっていますが、200円から大きく外れた金額で運用されていることはまずありません。
手数料は前納で、窓口申請では申請時に納付になります。オンライン申請では、申請後に手数料納付通知書が送られてくるので、審査は手数料納付前でも進みますが、許可証は手数料納付後に受け取るのが原則です。